Как читать таблицы
Слева — название, под которым микроорганизм встречается в старых документах и учебниках, справа — действующее. Год — когда новое название было предложено в научной публикации. Правильным считается название, которое опубликовано по правилам Международного кодекса номенклатуры прокариот и соответствует принятой сейчас классификации. Единой официальной классификации нет, поэтому старое и новое названия могут быть законными одновременно. Статус названий бактерий удобно сверять в базе LPSN, названий грибов — в MycoBank и Index Fungorum.
Переименование не меняет сам микроорганизм и не отменяет методики: в протоколе по-прежнему пишут показатель так, как он назван в нормативе.
Отдельные виды
| Было | Стало | Год | Почему важно лаборатории |
|---|---|---|---|
| Clostridium difficile | Clostridioides difficile | 2016 | клиническая микробиология |
| Propionibacterium acnes | Cutibacterium acnes | 2016 | контаминант при посевах на стерильность |
| Enterobacter aerogenes | Klebsiella aerogenes | 2017 | распространённый тест-штамм ATCC 13048 |
| Enterobacter sakazakii | Cronobacter sakazakii | 2008 | показатель безопасности детского питания |
| Klebsiella planticola, K. terrigena, K. ornithinolytica | Raoultella planticola, R. terrigena, R. ornithinolytica (2001); в 2021 году предложено вернуть их в Klebsiella | 2001, 2021 | встречаются среди колиформ воды; в LPSN сейчас правильными считаются названия Klebsiella, а в системах идентификации часто стоит Raoultella |
| Streptococcus faecalis, S. faecium | Enterococcus faecalis, E. faecium | 1984 | энтерококки как показатель воды |
| Pseudomonas maltophilia | Stenotrophomonas maltophilia | 1993 | неферментирующие бактерии воды и клиники |
| Bacillus stearothermophilus | Geobacillus stearothermophilus | 2001 | споры в биологических индикаторах стерилизации |
| Aspergillus niger (штамм ATCC 16404) | Aspergillus brasiliensis | 2007 | тест-штамм в фармакопейных испытаниях |
| Candida krusei | Pichia kudriavzevii | 2008 | название известно с 1965 года, в 2008 году показано, что это тот же вид; в клинической практике часто пишут по-старому |
Лактобациллы: один род стал двадцатью пятью
В 2020 году род Lactobacillus разделили на 25 родов: исправленный Lactobacillus, Paralactobacillus и 23 новых. Внутри исходного рода оказались слишком разные бактерии, и генетический анализ это подтвердил. Сокращение «L.» в названии вида сохранилось, но буква теперь означает другой род, поэтому в протоколах лучше писать название рода полностью.
| Было | Стало |
|---|---|
| Lactobacillus casei | Lacticaseibacillus casei |
| Lactobacillus paracasei | Lacticaseibacillus paracasei |
| Lactobacillus rhamnosus | Lacticaseibacillus rhamnosus |
| Lactobacillus plantarum | Lactiplantibacillus plantarum |
| Lactobacillus reuteri | Limosilactobacillus reuteri |
| Lactobacillus fermentum | Limosilactobacillus fermentum |
| Lactobacillus salivarius | Ligilactobacillus salivarius |
| Lactobacillus brevis | Levilactobacillus brevis |
| Lactobacillus sakei | Latilactobacillus sakei |
| Lactobacillus curvatus | Latilactobacillus curvatus |
| Lactobacillus buchneri | Lentilactobacillus buchneri |
| Lactobacillus sanfranciscensis | Fructilactobacillus sanfranciscensis |
В роде Lactobacillus остались, в частности, L. acidophilus, L. delbrueckii (включая подвид bulgaricus, болгарскую палочку), L. helveticus, L. gasseri, L. crispatus и L. johnsonii.
Для пищевой лаборатории это важно при анализе заквасок и пробиотических продуктов: на упаковке и в документах производителя может стоять любое из названий.
Энтеробактерии: семейство стало порядком
В 2016 году семейство Enterobacteriaceae разделили: появился порядок Enterobacterales с семью семействами.
| Семейство | Роды, знакомые лаборатории |
|---|---|
| Enterobacteriaceae | Escherichia, Shigella, Salmonella, Klebsiella, Enterobacter, Citrobacter, Cronobacter |
| Yersiniaceae | Yersinia, Serratia |
| Morganellaceae | Proteus, Morganella, Providencia |
| Hafniaceae | Hafnia, Edwardsiella |
| Erwiniaceae | Erwinia, Pantoea |
| Pectobacteriaceae | Pectobacterium, Dickeya |
| Budviciaceae | Budvicia, Leminorella, Pragia |
Что это значит для анализа. В пищевой микробиологии «энтеробактерии» определяют не по систематике, а по признакам: грамотрицательные, оксидазоотрицательные бактерии, сбраживающие глюкозу. Под это определение в ГОСТ 32064-2013 по-прежнему попадают протеи и серрации, хотя по новой систематике они в других семействах. Методика и результат не меняются — меняется только то, как правильно называть группу в научном тексте.
Типы бактерий: Bacillota вместо Firmicutes
В 2021 году впервые по правилам кодекса номенклатуры были опубликованы названия типов (филумов) бактерий. Они образованы от названия типового рода с окончанием -ota.
| Было | Стало | Кто входит |
|---|---|---|
| Firmicutes | Bacillota | бациллы, клостридии, стафилококки, стрептококки, энтерококки, лактобациллы |
| Proteobacteria | Pseudomonadota | энтеробактерии, псевдомонады, вибрионы |
| Actinobacteria | Actinomycetota | актиномицеты, коринебактерии, микобактерии |
| Bacteroidetes | Bacteroidota | бактероиды |
| Epsilonproteobacteria (класс) | Campylobacterota (тип) | кампилобактеры, хеликобактеры |
| Fusobacteria | Fusobacteriota | фузобактерии |
| Spirochaetes | Spirochaetota | спирохеты |
Старые названия ещё долго будут встречаться в литературе, особенно в исследованиях микробиома.
Как писать в протоколе
- Показатель записывайте так, как он назван в нормативе и методике: «Enterobacteriaceae», «Staphylococcus aureus», «БГКП (колиформы)».
- Если вы идентифицировали культуру до вида, используйте действующее название. При желании старое можно указать в скобках: «Klebsiella aerogenes (Enterobacter aerogenes)».
- Для тест-штаммов главное — номер в коллекции (ATCC, WDCM, ВКМ): при переименовании вида номер не меняется. Подробно — тест-штаммы и их номера.
- Названия родов и видов пишут курсивом, серовары сальмонелл — прямым шрифтом с заглавной буквы: Salmonella Typhimurium.
Где сверять
- LPSN — список названий прокариот с правильной номенклатурой и историей переименований;
- MycoBank и Index Fungorum — для грибов;
- каталоги коллекций культур — для номеров штаммов и их актуальных названий.
Материал подготовлен редакцией и ждёт проверки экспертами сообщества. Нашли неточность — напишите нам: исправления вносим и отмечаем дату.